Après 2 ans et demi d'absence, Naruto est de retour à Konoha. Il retrouve Kakashi, à qui il offre le dernier llivre de Jiraya, il retrouve également Sakura et Konohamaru qui ont bien changé. Sakura et Naruto réintègrent l'équipe de Kakashi, qui décide de leur refaire passer le test des clochettes. Ils le réussissent grâce un plan de Naruto.
Ils rencontrent ensuite Shikamaru, qui est devenu surveillant du Chunnin Exam et Temari qui est la pour représenter son village. On apprend que tous les genins de l'âge de Naruto sont passés Chunnin, Neji, Kankuro et Temari sont Jounin. Gaara est devenu Kazekage. A Suna, l'on voit deux hommes d'Akatsuki qui apparaissent, Deidara et Sasori. Leur but est de capturer Gaara. Un long combat entre celui-ci et Deidara commence, qui se termine pr la victoire de Deidara, qui emmène Gaara. Kankuro se lance à leur recherche, mais tombe sur Sasori, qui le bat très simplement, car il annonce à Kankuro qu'il est le créateur de ses marionnettes. Tsunade reçoit un message de Suna qui indique que le Kazekage a été enlevé, et décide d'envoyer l'équipe de Kakashi en renfort. Kankuro est ramené à Suna, alors qu'il n'a plus que 3 jours à vivre. Temari est mise au courant par l'équipe Kakashi. Naruto apprend à celle-ci et à Sakura que Naruto est habité par Kyuubi.La sage Chyoo ne trouve pas d'antidote pour sauver Kankuro, et se dit que la seule personne pouvant le sauver est Tsunade. A l'arrivée de l'équipe Kakashi, Chyoo confond Kakashi et son père " Croc blanc de Konoha " et l'attaque. Sakura arrive à trouver un antidote pour Kankuro, et annonce à Chyoo qu'elle est la disciple de Tsunade. De leur coté Gai, Neji, Lee et Tenten se préparent a rejoindre l'équipe Kakashi.
